焦碳酸二乙酯是RNA酶的化學修飾劑,它和RNA酶的活性基團組氨酸的咪唑環反應而抑制酶活性。DEPC與氨水溶液混合會產生致癌物,因而使用時需小心。DEPC能與胺和巰基反應,因而含Tris和DTT的試劑不能用DEPC處理。 聞起來香香甜甜的,可是害人不眨眼!,懷疑是致癌劑.開瓶時將瓶子遠離你,內壓可導致濺潑.操作時戴合適的手套,穿工作服,并在化學通風櫥里進行.
焦碳酸二乙酯已用作飲料類食品的抗菌劑，如果汁、酒和啤酒。它的優點是可用于水溶液的冷巴氏消毒法（Cold Pasteurigalion Process），并易水解成乙醇和二氧化碳。在酸性飲料中（低于pH 4.0）其用量范圍為120～300mg/kg,在此條件下大約60min內可殺滅全部酵母菌。其他有耐受力的微生物如象乳酸菌,只有當微生物數量很少(﹤500個/ml)和pH低于4.0時，才能達到消毒的目的。低pH的好處是能降低焦碳酸二乙酯的分解速率和增強它的殺菌效力。
濃焦碳酸二乙酯有刺激性。可是，在酸性飲料中 24h 內基本上完全水解，幾乎直接毒性。遺憾的是，焦碳酸二乙酯與一些化合物反應有可能生成乙酯基衍生物和乙酯。尿烷是一種已知的致癌物質。雖然尚未見到食品經焦碳酸二乙酯處理后生成尿烷的報道，但有人采用靈敏的同位素稀釋示蹤技術已發現曾用焦碳酸二乙酯處理過的橙汁、啤酒和葡萄酒含有0.17～2.6mg/kg的尿烷。由于氨普遍存在于動、植物組織中，因此用焦碳酸二乙酯處理過的食品有可能含有極少量尿烷。基于這一點，有的國家已明令禁止在食品中使用焦碳酸二乙酯。