羅丹明123用于對許多種細胞進行染色，包括植物細胞和細菌。由于細胞內ATP的量與Rh123的熒光強度之間有相關性，因此Rh123被應用于檢測細胞內的ATP。Rh123還用于癌癥研究。

         羅丹明123的最大激發波長為507nm，最大發射波長為529nm。

染色程序：
（1） 將0.4mgRh123溶解到1mL DMSO中制備成1mMRh123-DMSO溶液。
（2） 用載玻片準備細胞。細胞數目應為5×104~5×105個/mL。
（3） 孵育該載玻片，用PBS或Hank's液洗滌細胞。
（4） 用培養基稀釋1mM Rh123溶液以制備1~20μM Rh123緩沖液。
（5） 將Rh123緩沖液加入載玻片并在37℃下孵育30分鐘至1小時。
（6） 去除Rh123緩沖液并用培養基洗滌細胞（洗滌細胞后為了固定，加入10%福爾馬林緩沖液并孵育15~20分鐘，接著用PBS洗滌）。
（7） 用帶有熒光素濾光片的熒光顯微鏡觀察細胞。
儲存條件：室溫避光保存，溶于DMSO配制成母液后-20℃保存。

應用：
（1）銅離子探針
銅是人體重要的微量元素，機體內銅缺失會導致代謝紊亂和諸多疾病，如膽固醇升高，動脈彈性降低，血壓升高。一直以來，銅離子生物熒光探針的研究是一個熱門課題。Zhao等在2009年設計合成了一種新型羅丹明內酰胺衍生物5，并將其應用于水溶液和活體細胞中Cu2+的檢測。這種比色探針對銅離子的反應是瞬時可逆的,并且在其它金屬離子濃度很高的情況下也不會對銅離子的比色和熒光信號產生干擾，這一特征使其很好地滿足了生物醫學和環境監測方面的特殊要求。目前，該類探針已廣泛應用于環境體系中銅離子濃度的檢測和生物活細胞銅離子分布成像實驗，其優異的綜合性能預示了極好的應用前景。

（2）鐵離子探針
鐵是人體中所必須的微量元素，它在人體中主要以絡離子的形式存在，與血紅素、蛋白質等形成血紅蛋白和肌紅蛋白，在機體中起到運輸和貯存氧的作用。由于Fe3+的順磁性，一般的Fe3+熒光探針都是熒光熄滅型，不利于在牛物體內Fe3+的熒光成像及原位檢測。因此利用羅丹明分子的閉環一開環間轉換機理設計熒光增強型Fe3+熒光探針逐步受到重視。

（3）汞離子探針
汞是具有很高毒性的金屬。汞單質及汞離子可通過各種途徑進入環境，人體長期接觸并攝入后會產生嚴重的惡心、嘔吐、腹痛以及腎功能損傷等病癥，危害極大。由于人們對汞毒性的高度重視，近年來對Hg2+熒光探針的研究日益增多。Xu等設計合成了一種羅丹明硫酰肼用于紫外和熒光檢測水相中Hg2+，探針與Hg2+結合的化學計量比為2∶1.Qian等設計合成的高選擇性的羅丹明類Hg2+熒光探針不僅可以實現對Hg2+的熒光檢測，而且利用顯色反應可以對Hg2+的存在進行初步判斷。該探針具有可逆性，當向顯色的平衡體系中加入EDTA后，體系的紫紅色變為無色。另外，熒光響應速度快是該探針的另一特點，Hg2+加入后立即產生穩定的強烈熒光，與同類的探針需要一定的平衡時間相比，該探針更適合于環境或者生物樣品的實時分析。

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