其制備方法主要有兩種。
(1)在反應釜中投入甲醇和甲醇鈉，再加入一定量的2-氨基-4,6-二氯嘧啶，攪拌，加熱回流反應6h，取樣分析合格后降溫至室溫，放料過濾得成品。

(2)以丙二腈為原料加入反應釜，再加入甲醇，冷卻至0℃，通入干燥的氯化氫，該反應放熱，溫度逐漸上升至15℃，保持該溫度，通入一定量氯化氫后再繼續攪拌3～4h，冷卻結晶過濾，得到1，3-二甲基丙二脒鹽酸鹽。該1，3-二甲基丙二脒鹽酸鹽加入到冷卻到0℃的碳酸氫鈉溶液中，調節pH=6，得到結晶鹽酸鹽，過濾，濾液中加入50％氰胺溶液，攪拌，并加熱至室溫，攪拌2h得到結晶為3-氨基-3-甲氧基-N-氰基-2-丙脒，過濾，水洗，干燥，溶于甲苯中。在另一反應鍋裝入甲苯并加熱至回流，將上述丙脒甲苯液加入，并攪拌1h，過濾，濃縮，冷卻，結晶得成品。

以上兩種方法中，國內都用丙二酸二乙酯為原料，通過制備2-氨基-4,6-二氯嘧啶進行甲氧基化而制得成品。而國外用丙二腈法制備2-氨基-4,6-二甲氧基嘧啶，該方法得到的成品純度高。