主要采用發酵法生產，其原料可用糖蜜、蔗糖、甘薯和石油烴等碳水化合物。

　　一般采用真菌為菌種發酵生產，按發酵方式可分為表面發酵和深層發酵兩大類，表面發酵是早期的生產方法，用某些青霉菌或黑曲霉菌為菌種、深層發酵法亦以黑曲霉菌為菌種，發酵過程中生成小球形的絲菌聚集體，應避免生成長而薄的絲菌體，發酵條件為pH值1.5-2.8，同時需通入無菌空氣并伴隨攪拌。

　　發酵完畢過濾除去絲菌體及殘存的固體渣滓，濾液用碳酸鈣中和獲得檸檬酸鈣，然后用濃硫酸中和得檸檬酸粗品，再經離子交換樹脂精制、濃縮和結晶得到成品。以深層發酵法為主，約占發酵法產量的80%。