蘋果酸在自然界廣泛存在，是動植物新陳代謝的產物，是蘋果中主要酸組分。將未成熟的蘋果、葡萄、桃的果汁煮沸，加入石灰水，生成鈣鹽沉淀，然后將其轉變為鉛鹽，再經處理生成游離酸，即可得到L-蘋果酸。
發酵法也是可能實現工業化，使用變異了的酵母菌類進行發酵，可獲得L-蘋果酸為主的特殊菌類進行發酸，或使用以產生蘋果酸為主的特殊菌類進行發酵，可獲進L-蘋果酸，但過程比合成法復雜，而且成本較高。
日本用生物合成法生產L-蘋果酸。先將短桿菌氨基因細胞（breridacterium ammoni-agenes cell）用聚丙烯酸酰胺固定。細胞在生理鹽水中懸浮液與丙烯酸酰胺和適當的交聯劑以及聚合促進劑混合，所得凝膠制成3mm直徑的顆粒。洗滌后，浸泡在含約0.3牛膽汁的反丁烯二酸鈉中，溶液保持在37℃、20h。
經此處理的細胞即用作反應柱的填料。1L含1mol的反丁烯二酸鈉在37℃通過反應柱，用通常的方法從流出物中分離蘋果酸，從反丁烯二酸生產L-蘋果酸藥用級產品，收率約70%。